Fue fundado el 25 de abril de 1991. Pertenece a la Secretaría de Educación del Gobierno del Estado de Querétaro y está adscrito al Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Querétaro.
Los terrenos en los que se encuentra el Jardín Botánico fueron, hasta 1990, propiedad del Ejido de Fuentes y Pueblo Nuevo. Los propietarios conscientes de la importancia de contar con un instituto dedicado al estudio de la conservación de la Naturaleza y sus recursos, decidieron entregar en comodato el terreno para la instalación y desarrollo de este organismo, con la intención de que se convirtiera en un refugio para la flora regional.
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